超速離心機增加了真空系統，其目的是:第1，減少轉頭在高速旋轉時，空氣與轉頭之間發生摩擦而產生的阻力和熱量;第2，減少當紅外線探測轉頭溫度時，因空氣流動而產生的干擾，一般只有在低于5 mTorr (1 Torr = 133.322 Pa)真空條件下溫度測試才較準確。

不同驅動系統的超速離心機其真空系統均由機械泵和擴散泵組成。如機械泵性能良好，在轉速較低時(< 50 000 r/min)可不用擴散泵。真空度多用敏感的熱電偶探測器經放大后反映在表頭上，以毫托(mTorr )為單位，維持在5 mTorr以下。

擴散泵的作用是將機械真空泵尚未完全抽完的空氣再次抽完以提高離心腔的真空度，擴散泵用硅油，真空泵用真空油，兩者切勿搞錯。

平時應該經常查找發生漏氣(真空度降低)的原因和漏氣部位，并排除之。最好每月檢查一次機械泵，由于轉子室停止冷凍，冷凝水或被真空泵抽出的部分樣品液常經過泵體混人油中，如果油中水份過多，需打開泵底部閥門放掉一些水，直到油中無水珠為止，再加人新真空油到規定的刻度。